هدف از انتشار پژوهشنامه حلال ارتقای سطح علمی استادان دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی کشور و ایجاد زمینه‌های رشد و توسعه تحقیقات علمی در بین آنان و کمک به تعالی دانش و گسترش نتایج پژوهش‌های اصیل در زمینه‌های حلال و سلامت انسان در داخل و خارج کشور و تقویت آن در دانشگاه‌ها می‌باشد. از این رو هر گونه مقاله‌ای که در یکی از زمینه‌های حلال و سلامت انسان نوشته شده و از ارزش علمی برخوردار باشد، برای بررسی جهت چاپ احتمالی پذیرفته می‌شود.
اهداف کلان
1- تمرکز بر اهداف عالیه مرکز ملی تحقیقات حلال برای تبدیل شدن به یک مرجع علمی و دینی در عرصه جهانی
2- دستیابی به روش های نوین و معتبر کنترل حلیت، حرمت، طهارت و سلامت خدمات و مواد و فرآورده های حلال
3- بسترسازی برای ارائه نظریات نو و تضارب آراء میان اندیشمندان و محققان حوزه حلال
اهداف خرد
۲- توسعه و به کارگیری علوم دینی، دانشگاهی و آزمایشگاهی در زمینه حلیت، حرمت و سلامت خدمات و مواد و فرآورده های مشمول
۳- انجام پژوهش های بنیادی و کاربردی در زمینه کنترل حلیت، حرمت، طهارت و سلامت خدمات و مواد و فرآورده های مشمول به منظور دستیابی به روش های نوین و معتبر کنترل حلیت، حرمت، طهارت و سلامت خدمات و مواد و فرآورده های های فوق الذکر